او بر پايه اين گفته خود، مدعي شد که اين موضوع سبب مي‌شود تا چهره‌اي "مخدوش" از انقلاب، امام و نظام را القاء کند.
رئيس دولت اصلاحات که امروز در جمع کارکنان خبرگزاري ايلنا سخن مي‌گفت، توضيح نداده که منظورش از گزينشي بودن اين برنامه چيست و اشاره او به کدام بخش از سخنان امام راحل است اما افزوده است که پرداختن به شخصيت حضرت امام بايد جامع باشد.
وي تاثير اين برنامه را بيشتر بر روي نسلي دانسته که امام و موقعيت صحبت‌هاي ايشان را از نزديک درک نکرده‌اند.
منتقدين رفتارهاي اخير موسوي،کروبي و خاتمي معتقدند از آنجا که اصلاح طلبان در ماه‌هاي اخير با استفاده از عدم شناخت کافي نسل جوان از امام راحل(ره) کوشيده‌اند تا با شعار پيروي از آرمان‌هاي امام به رفتارهاي خود وجهه مناسبي بخشند، پخش مستند شاخص توانسته باعث افشاي تناقض رفتار آنان با خط و راه امام و ثبت تضاد ديگري در کارنامه اصلاح طلبان شود.
پيش از اين نيز حجت الاسلام سيد حسن خميني که بخشي از رفتارهاي او در ماه هاي اخير حمايت از سران اصلاحات تلقي شده است، با استناد به شنيده‌هايش از برخي افراد که آن‌ها را منابع "موثق" ناميده بود، به پخش اين برنامه اعتراض کرده بود.
وي در نامه‌اي که به رئيس سازمان صدا و سيماي جمهوري اسلامي مدعي شده بود سخنان امام در مستند شاخص را "غيرواقعي" و "تحريف آميز" است.

با اين حال او هيچ توضيحي درباره آنچه منابع موثق و تحريف سخنان امام ناميده بود، نداد. سخنان سيدحسن خميني در اين باره همانند سکوت او در برابر  هتک حرمت امام(ره) از سوي فتنه گران در 16 آذر، انتقادات فعالان سياسي را متوجه او ساخت.

اما انتقاد و اعتراض آقاي خاتمي و سيدحسن خميني به پخش مواضع و ديدگاه هاي امام در قالب مستند شاخص در حالي بيان مي شود که گزارش ها حاکي از استقبال مردم و فعالان سياسي از اين برنامه است.

حتي ديروز 180 تن از نمايندگان مجلس شوراي اسلامي بيانيه اي را در حمايت از برنامه هاي صدا و سيما پيرامون حضرت امام به ويژه مستند شاخص را امضا کرده اند.

اسامي شماري از شخصيت‌هاي شاخص فراکسيون اصلاح طلبان مجلس همچون مسعود پزشکيان وزير بهداشت دولت اصلاحات، مهدي سنايي، محمد حسين مقيمي، مهرداد لاهوتي، علي اصغر يوسف نژاد، مصطفي کواکبيان و داريوش قنبري هم، در ذيل اين بيانيه به چشم مي خورد.

گفتني است که مستند تلويزيوني شاخص از چند روز پيش از رسانه ملي پخش مي‌شود و در آن مواضع و ديدگاه هاي امام (ره) پيرامون برخي مسائل از زبان خود ايشان مطرح شده است.